Der Patapon-Stamm war einst eine unglaubliche Kraft, mit der man rechnen musste, angeführt von ihrem Gott, dem Allmächtigen. Kein Feind war zu groß, kein Schatz unerreichbar, als sie nach dem sagenumwobenen Earthend suchten. Doch diese Zeiten sind längst vorbei, und die Patapons sind nur noch ein Schatten ihrer selbst. Schlüpfe in die Rolle des Allmächtigen und verhelfe den Patapons zu ihrem früheren Ruhm!
Patapon ist eine Mischung aus einem Rhythmusspiel wie PaRappa the Rapper und einem Strategiespiel mit Einheitenmanagement wie Advance Wars. Der Spieler steuert den „Allmächtigen“, den Gott der Patapons, und führt sie auf der Suche nach Earthend. Dies geschieht mit den Tasten Kreis, X, Quadrat und Dreieck – jede Taste entspricht einer anderen Art von Trommelschlag. Durch das Drücken verschiedener Sätze von vier Schlägen wiederholen die Patapons den Schlag und führen dann die Aktion aus, wie z. B. vorrücken, sich zurückziehen oder angreifen. Wenn der Spieler die Schläge ohne Fehler ausführt, gelangt er in den „Fieber“-Modus, in dem die Patapons ihre Aktionen stärker und schneller ausführen können.
Durch das Sammeln verschiedener Gegenstände wie Fleisch und Holz und das Ausgeben von Ka-ching (der Spielwährung) können die Spieler neue Patapon-Einheiten am Baum des Lebens erschaffen. Diese Einheiten können dann für den Kampf vorbereitet werden, bevor der Spieler eine Stufe betritt, um sie mit besseren Rüstungen, Schilden und Waffen auszustatten, die ihnen helfen, effektiver gegen ihre Feinde zu kämpfen.