Mit der Veröffentlichung ist das gesamte Spiel MGS3 enthalten: Snake Eater mit einer Reihe von Ergänzungen. Die europäische Extremvariante wurde als Schwierigkeitsgrad hinzugefügt und ist der härteste Schwierigkeitsgrad in der gesamten Serie. Neue Gesichtsbemalungen und weitere Kameraperspektiven wurden hinzugefügt, ebenso wie eine Vielzahl anderer Features, darunter ein Duell-Modus, der es den Spielern ermöglicht, jederzeit gegen ihre Lieblingsbosse anzutreten. Auf vielfachen Wunsch ist auch Snake vs. Monkey zurückgekehrt, mit mehr Karten als zuvor!
Außerdem befindet sich auf der Bonusdiskette ein neuer Online-Modus. Dieser neue Modus ermöglicht es dem Spieler, MGS3 online mit anderen Spielern auf der ganzen Welt zu spielen. Die Server von Sony ermöglichen es dem Spieler, seine Statistiken und Freunde zu verfolgen. Die Spieler können mit anderen Spielern auf der ganzen Welt in verschiedenen Spieltypen wie Eroberungsmissionen und Schleichmissionen spielen. Um die ursprüngliche Trilogie abzuschließen, enthält Subsistence die Originalversion der MSX-Spiele Metal Gear und Metal Gear 2: Solid Snake. Diese beiden Spiele, die nie zuvor in Amerika veröffentlicht wurden, schließen die gesamte Spielserie der ursprünglichen Trilogie über die Ursprünge von Solid und Naked Snake ab.