Purple Tentacle, eine von Dr. Freds verrückten Kreationen, trinkt verseuchtes Wasser aus Dr. Freds Sludge-o-matic. Er mutiert zu einem verrückten Genie, dem Arme wachsen, und nun plant er, die Welt zu erobern. Um ihn zu stoppen, schickt Dr. Fred die drei Freunde Bernard, Hoagie und Laverne in die Vergangenheit, damit sie die Sludge-o-Matic abschalten und den Schlamm davon abhalten, in den Fluss zu fließen, um so den ganzen Vorfall zu verhindern. Natürlich verwendet der billige Doktor in seiner Zeitmaschine einen falschen Diamanten anstelle eines echten, der in die Luft fliegt und Hoagie 200 Jahre in die Vergangenheit und Laverne 200 Jahre in die Zukunft schickt.
Nun muss der Spieler Hoagie und Laverne mit Hilfe der Fähigkeit der Zeitmaschine, Objekte zwischen den Zeitperioden zu bewegen, zurückholen und den bösen Purple daran hindern, die Welt zu übernehmen.
Day of the Tentacle ist ein Point-and-Click-Abenteuerspiel und eine Fortsetzung von Maniac Mansion. Der Spieler steuert Bernard und später auch Hoagie und Laverne, wobei er jederzeit zwischen ihnen wechseln kann. Mit den Befehlen am unteren Rand des Bildschirms kann die Spielfigur Gegenstände aufheben, sie für andere Dinge verwenden, mit Leuten sprechen und vieles mehr. Jeder der drei Freunde kann seine Gegenstände auch über die Zeit hinweg an einen anderen Freund schicken.
Das Spiel findet im selben Gebiet, aber in drei verschiedenen Epochen statt, und so spielt die Beeinflussung der Geschichte bei einigen Rätseln eine wichtige Rolle. Hoagie kann zum Beispiel einen Gegenstand im 18. Jahrhundert verstecken, und Laverne entdeckt ihn im 23. Jahrhundert – aber bis dahin kann der Gegenstand von der Zeit beeinflusst worden sein Eigenschaften verändert haben.
Die CD-Version des Spiels enthält die Sprachausgabe für alle Dialoge.